Jesús de Machaqa cuenta con dos organizaciones originarias. El cabildo de Marka de Ayllus y Comunidades Originarias de Jesús de Machaqa (MACOJMA), antiguamente: Manqha Suxta o Aynach Suxta y Marka de Ayllus y Comunidades de Parcial Arriba (MACOAS), antiguamente: Alay Suxta o Araxa Suxta, recreando así la denominación del territorio de arriba (alay o araxa) y el territorio de Abajo (manqha o aymacha). Son instituciones naturales con representación legítima y legal de la región. Con los años y dependiendo de la coyuntura externa, principalmente del Estado Boliviano fue evolucionando, adecuándose y convirtiéndose en una entidad con mucho más criterio en sus propuestas y visión de desarrollo, consolidando recientemente  en territorio autónomo, indígena,  el 6 de diciembre del 2009.

Las organizaciones están constituidas por un total de 76 comunidades originarias (75 comunidades aymaras y 1 comunidad que corresponde a la cultura Urus, Irohito Urus). Estas comunidades se articulan en 26 ayllus y 2 markas.

Cada una de las dos organizaciones tiene su máxima autoridad en el cabildo. El cabildo como autoridad máxima, lo constituyen dos niveles de autoridad: los jiliri mallkus (26 varones) y mallku taykas (26 mujeres) y un segundo bloque con mallkus (76 varones) y mallku taykas (76 mujeres). La coordinación y representación máxima está dado por el Mach’a Mallku y Jach’a Mallku Tayka respectivamente. Un dato importante es que la autoridad lo ejercen el varón y mujer juntos es decir el matrimonio

El cabildo, la autoridad máxima de las dos Markas lo constituyen un total de 102 personas (102 varones y 102 mujeres). Las comunidades (organización básica) tienen un autoridad en el Cabildo integrado por mallku (varón) y mallku tayka (mujer), mientras que un ayllu tiene más de una comunidad (normalmente 4). Estos datos, revelan una presencia equitativa aunque la autoridad varón y la autoridad mujer no actúan independientemente. Otro dato relevante en el cabildo es cerca del 50 % tienen una formación superior la mayoría profesores o técnicos. Situación que hace de un Cabildo más crítico e influyente fundamentalmente en el control social respecto a las instituciones incluyendo la alcaldía.

INSTITUCIONES DE APOYO

A. LA ALCALDIA DE JESUS DE MACHAQA.

La creación de la Alcaldía de Jesús de Machaqa ha costado mucho esfuerzo. Tras intensos debates en 1995 las autoridades del MACOJMA iniciaron el proceso de tramitación de la sección municipal ante el Parlamento Nacional y tras el fracaso de los primeros cinco años de trámite, el 2000 se presentó nuevamente el proyecto de ley de creación de la QUINTA sección municipal con capital Jesús de Machaqa, pasaron dos nuevos años y finalmente se consigue en el año 2002 la creación de la SEXTA sección municipal.

Desde inicios del 2005 funciona como municipio. Ser municipio supone desarrollar una gestión local con actores locales, además del presupuesto que asigna por ley el gobierno central. Normalmente ya por ley asigna los ítems a las que se debe asignar los presupuestos sin embargo, los planes de desarrollo municipal y los planes operativos las tienen que hacer junto a las organizaciones sociales presentes en la región. Otra de las ventajas es que cada municipio puede gestionar de manera autónoma las inversiones externas a favor de su municipio.

Con la consulta refrendada el 6 de diciembre del 2009 el municipio de Jesús de Machaqa se convierte en Municipio Indígena Autónoma. Por Ley de Estado convierte a una región con poder local en la gestión de la Marka. 

B. LA FUNDACION MACHAQA AMAWT'A.

La idea de crear una Fundación en la región data de 1998-2000, cuando en las reuniones del consejo de coordinación interinstitucional se había propuesto la necesidad de crear una Fundación como la manera más adecuada de consolidar una entidad local con todos los atributos. Es PePeH quien en diversas aportaciones había insistido en la idea. La posición era clara, contar con una instancia local capaz de gestionar técnicamente programas de desarrollo regional y buscar mecanismos de financiación.

La consolidación de la Fundación ha sido posible gracias a la actividad continuada del Centro de Educación Técnica y Humanística y Agropecuaria (CETHA) y del Centro de Apoyo a la Educación Machaqueña (CAEM). En el apartado EDUCACION Y COMUNICACIÓN se especifican las funciones y actividades que están llevando a cabo estas instituciones. 2004. Desde entonces es la entidad responsable de la gestión de recursos financieros sustituyendo así las acciones de la Comisión Episcopal de Educación de la Conferencia Episcopal Boliviana (CEE) que estaba presente desde 1978.